Lmivv

.gitattributes

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+data_output/**/dataset.zip export-ignore

data/community/UdeM-LMIVV/BabyV/PRRSV2/nsp3-4-5/Baby2026/CHANGELOG.md

@@ -0,0 +1,3 @@
+## Unreleased
+
+Initial release.

data/community/UdeM-LMIVV/BabyV/PRRSV2/nsp3-4-5/Baby2026/README.md

@@ -0,0 +1,24 @@
+# Betaarterivirus americense (PRRSV-2) nsp3-4-5 classification
+
+
+## Dataset attributes
+
+| attribute            | value                                    |
+| -------------------- | ---------------------------------------- |
+| name                 | PRRSV-2 nsp3-4-5 clusters                |
+| refName              | NC_038291.1-VR-2332                      |
+| refAccession         | NC_038291.1                              |
+
+
+## Scope of this dataset
+
+This dataset uses the sequences of the ORF1 non structural protein 3, 4 and 5 to complement the ORF5 lineages classification when the whole genome of the virus is available as proposed by Baby et al., 2026.
+
+
+## Authors and contacts
+
+For questions regarding the dataset, please contact the corresponding author of 
+
+## What is Nextclade dataset
+
+Read more about Nextclade datasets in Nextclade documentation: https://docs.nextstrain.org/projects/nextclade/en/stable/user/datasets.html

data/community/UdeM-LMIVV/BabyV/PRRSV2/nsp3-4-5/Baby2026/genome_annotation.gff3

@@ -0,0 +1,4 @@
+##gff-version 3
+##sequence-region NC_038291.1-nsp3-4-5 1 1815
+NC_038291.1-nsp3-4-5	feature	CDS	1	1815	.	+	0	Parent=gene-ORF1;gene_name=nsp3-4-5;product=nsp3-4-5
+NC_038291.1-nsp3-4-5	feature	gene	1	1815	.	+	.	ID=gene-ORF1;gene_name=ORF1;Note=Partial ORF1

data/community/UdeM-LMIVV/BabyV/PRRSV2/nsp3-4-5/Baby2026/pathogen.json

@@ -0,0 +1,53 @@
+{
+  "$schema": "https://raw.githubusercontent.com/nextstrain/nextclade/refs/heads/release/packages/nextclade-schemas/input-pathogen-json.schema.json",
+  "schemaVersion": "3.0.0",
+  "files": {
+    "reference": "reference.fasta",
+    "pathogenJson": "pathogen.json",
+    "genomeAnnotation": "genome_annotation.gff3",
+    "examples": "sequences.fasta",
+	"treeJson": "tree.json",
+    "readme": "README.md",
+    "changelog": "CHANGELOG.md"
+  },
+  "attributes": {
+    "name": "Betaartivirus americense nsp3-4-5 classification",
+    "reference name": "NC_038291.1-nsp3-4-5",
+    "reference accession": "NC_038291.1"
+  },
+  "qc": {
+    "missingData": {
+      "enabled": false,
+      "missingDataThreshold": 2000,
+      "scoreBias": 300
+    },
+    "snpClusters": {
+      "enabled": false,
+      "windowSize": 100,
+      "clusterCutOff": 5,
+      "scoreWeight": 50
+    },
+    "privateMutations": {
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+      "enabled": true,
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+      "weightLabeledSubstitutions": 2,
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+    },
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+    },
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+    },
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+    }
+  },
+  "compatibility": {
+    "cli": "3.0.0",
+    "web": "3.0.0"
+  }
+}

data/community/UdeM-LMIVV/BabyV/PRRSV2/nsp3-4-5/Baby2026/reference.fasta

@@ -0,0 +1,32 @@
+>NC_038291.1-nsp3-4-5
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+GCTGGGATTTATGTGACTGCGGTGGGTTCTTGCGGCACCGGCACCAACGACCCGTGGTGC
+GCTAACCCGTTTGCCGTCCCTGGCTACGGACCTGGCTCTCTCTGCACGTCCAGGTTGTGC
+ATTTCCCAACACGGCCTTACCCTGCCCTTGACAGCACTTGTGGCGGGATTCGGTATTCAA
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+ACCTGGTTGCTTTGTGTGTTTCCTTGCTGGTTGCGCTGTTTTTCTTTGCACCCCCTCACC
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+TACCGTGGCCCGCACCATATCCTTGTTGGCGATGGAGTGTTCTCTGCGGCTTTCTTCTTG
+AGATACTTTGCCGAG

data/community/UdeM-LMIVV/BabyV/PRRSV2/nsp3-4-5/Baby2026/sequences.fasta

@@ -0,0 +1,256 @@
+>MN046230.1
+GGAGGCCCACACCTCGCAGCTGCTCTGCATGTTGCCTGCTCGATGACCTTGCACATGCTT
+GCTGGAATCTATGTGACCTCGGTGAGCACCTGCGGCACCGGCACCAATGACCCGTGGTGC
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+TACCGCTGTCTTCATAATGTCCTTGTTGGCGATGGAGCATTCTCTTCGGCTTTTTTTTTG
+CGATACTTTGCCGAG
+>ON365556.1
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+ACTTGGTTGCTTTGTGTGTTTCCTTGTTGGCTGCGGTGTTTTCCTTTGCATCCTTTCACC
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