diff --git a/.github/workflows/galaxy_autoupdate.yml b/.github/workflows/galaxy_autoupdate.yml
new file mode 100644
index 0000000..97ec731
--- /dev/null
+++ b/.github/workflows/galaxy_autoupdate.yml
@@ -0,0 +1,73 @@
+name: Galaxy wrapper autoupdate
+
+# Polls Bioconda for a newer beegees release and opens a PR bumping the
+# Galaxy wrapper to it. The PR is merged by hand so the wrapper can be
+# checked against any new pipeline options; galaxy_tag.yml then tags it.
+on:
+ schedule:
+ - cron: "0 6 * * *" # daily, 06:00 UTC
+ workflow_dispatch:
+
+permissions:
+ contents: read
+
+jobs:
+ autoupdate:
+ runs-on: ubuntu-latest
+ steps:
+ - uses: actions/checkout@v4
+ with:
+ ref: main
+
+ - name: Compare Bioconda and wrapper versions
+ id: versions
+ run: |
+ latest=$(curl -sf https://api.anaconda.org/package/bioconda/beegees | jq -r .latest_version)
+ if [ -z "$latest" ] || [ "$latest" = "null" ]; then
+ echo "::error::Could not read latest beegees version from Bioconda"
+ exit 1
+ fi
+ current=$(sed -n 's:.*\(.*\).*:\1:p' beegees/galaxy/macros.xml)
+ echo "Bioconda: $latest, wrapper: $current"
+ newest=$(printf '%s\n%s\n' "$current" "$latest" | sort -V | tail -n 1)
+ if [ "$latest" != "$current" ] && [ "$newest" = "$latest" ]; then
+ echo "update=true" >> "$GITHUB_OUTPUT"
+ fi
+ echo "latest=$latest" >> "$GITHUB_OUTPUT"
+ echo "current=$current" >> "$GITHUB_OUTPUT"
+
+ - name: Bump macros.xml
+ if: steps.versions.outputs.update == 'true'
+ env:
+ LATEST: ${{ steps.versions.outputs.latest }}
+ run: |
+ sed -i \
+ -e "s:[^<]*:${LATEST}:" \
+ -e "s:[^<]*:0:" \
+ beegees/galaxy/macros.xml
+ git diff
+
+ # A PAT is needed so the PR push triggers the lint/test workflows;
+ # pushes made with GITHUB_TOKEN do not start other workflows.
+ - name: Open pull request
+ if: steps.versions.outputs.update == 'true'
+ uses: peter-evans/create-pull-request@v7
+ with:
+ token: ${{ secrets.GALAXY_AUTOUPDATE_TOKEN }}
+ base: main
+ branch: galaxy-autoupdate
+ delete-branch: true
+ add-paths: beegees/galaxy/macros.xml
+ commit-message: "galaxy: bump beegees to ${{ steps.versions.outputs.latest }}"
+ title: "galaxy: bump beegees ${{ steps.versions.outputs.current }} -> ${{ steps.versions.outputs.latest }}"
+ body: |
+ Bioconda has published beegees ${{ steps.versions.outputs.latest }}.
+
+ This PR sets `@TOOL_VERSION@` to ${{ steps.versions.outputs.latest }} and resets
+ `@VERSION_SUFFIX@` to 0. Merging it tags
+ `galaxy-${{ steps.versions.outputs.latest }}+galaxy0`, which uploads to the Tool Shed.
+
+ Before merging:
+ - [ ] Lint and planemo tests pass
+ - [ ] New or changed pipeline options are reflected in `beegees.xml`
+ - [ ] Test data still matches the new outputs
diff --git a/.github/workflows/galaxy_tag.yml b/.github/workflows/galaxy_tag.yml
new file mode 100644
index 0000000..ff86413
--- /dev/null
+++ b/.github/workflows/galaxy_tag.yml
@@ -0,0 +1,36 @@
+name: Tag Galaxy wrapper release
+
+# When macros.xml changes on main (an autoupdate PR or a manual
+# VERSION_SUFFIX bump), tag galaxy-+galaxy
+# if that tag doesn't exist yet. The tag triggers toolshed_deploy.yml.
+on:
+ push:
+ branches: [main]
+ paths:
+ - "beegees/galaxy/macros.xml"
+
+permissions:
+ contents: read
+
+jobs:
+ tag:
+ runs-on: ubuntu-latest
+ steps:
+ # A PAT is needed so the tag push triggers toolshed_deploy.yml;
+ # pushes made with GITHUB_TOKEN do not start other workflows.
+ - uses: actions/checkout@v4
+ with:
+ token: ${{ secrets.GALAXY_AUTOUPDATE_TOKEN }}
+
+ - name: Create and push release tag
+ run: |
+ tool_version=$(sed -n 's:.*\(.*\).*:\1:p' beegees/galaxy/macros.xml)
+ suffix=$(sed -n 's:.*\(.*\).*:\1:p' beegees/galaxy/macros.xml)
+ tag="galaxy-${tool_version}+galaxy${suffix}"
+ if [ -n "$(git ls-remote --tags origin "refs/tags/$tag")" ]; then
+ echo "Tag $tag already exists, nothing to release"
+ exit 0
+ fi
+ git tag "$tag"
+ git push origin "$tag"
+ echo "Pushed $tag"
diff --git a/.github/workflows/toolshed_deploy.yml b/.github/workflows/toolshed_deploy.yml
new file mode 100644
index 0000000..6f02910
--- /dev/null
+++ b/.github/workflows/toolshed_deploy.yml
@@ -0,0 +1,87 @@
+name: Deploy to Galaxy Tool Shed
+
+on:
+ push:
+ branches:
+ - "**"
+ # GitHub ignores path filters for tag pushes, so tags always run
+ paths:
+ - "beegees/galaxy/**"
+ - ".github/workflows/toolshed_deploy.yml"
+ tags:
+ # Galaxy wrapper releases only, e.g. galaxy-3.0.4+galaxy4.
+ # Package tags (v*) drive Bioconda and must not upload to the Tool Shed.
+ - "galaxy-*"
+
+jobs:
+ lint:
+ runs-on: ubuntu-latest
+ steps:
+ - uses: actions/checkout@v4
+
+ - name: Set up Python
+ uses: actions/setup-python@v5
+ with:
+ python-version: "3.11"
+
+ - name: Install planemo
+ run: pip install planemo
+
+ - name: Lint tool XML
+ run: planemo lint beegees/galaxy/beegees.xml
+
+ test:
+ needs: lint
+ runs-on: ubuntu-latest
+ steps:
+ - uses: actions/checkout@v4
+
+ - name: Set up Python
+ uses: actions/setup-python@v5
+ with:
+ python-version: "3.11"
+
+ - name: Install planemo
+ run: pip install planemo
+
+ - name: Run tool tests
+ run: |
+ planemo test \
+ --galaxy_branch release_24.1 \
+ --conda_auto_install \
+ --conda_auto_init \
+ --test_data beegees/galaxy/test-data/ beegees/galaxy/beegees.xml
+
+ shed_upload:
+ needs: test
+ if: startsWith(github.ref, 'refs/tags/galaxy-')
+ runs-on: ubuntu-latest
+ steps:
+ - uses: actions/checkout@v4
+
+ - name: Check tag matches macros.xml version
+ run: |
+ tool_version=$(sed -n 's:.*\(.*\).*:\1:p' beegees/galaxy/macros.xml)
+ suffix=$(sed -n 's:.*\(.*\).*:\1:p' beegees/galaxy/macros.xml)
+ expected="galaxy-${tool_version}+galaxy${suffix}"
+ if [ "$GITHUB_REF_NAME" != "$expected" ]; then
+ echo "::error::Tag $GITHUB_REF_NAME does not match macros.xml ($expected)"
+ exit 1
+ fi
+
+ - name: Set up Python
+ uses: actions/setup-python@v5
+ with:
+ python-version: "3.11"
+
+ - name: Install planemo
+ run: pip install planemo
+
+ - name: Upload to Tool Shed
+ env:
+ TOOLSHED_API_KEY: ${{ secrets.TOOLSHED_API_KEY }}
+ run: |
+ planemo shed_upload \
+ --shed_target toolshed \
+ --shed_key "$TOOLSHED_API_KEY" \
+ beegees/galaxy/
diff --git a/.gitignore b/.gitignore
index f7f22d8..a9435f9 100644
--- a/.gitignore
+++ b/.gitignore
@@ -8,3 +8,6 @@ build/
*.log
.DS_Store
.pytest_cache/
+
+# Galaxy instance-specific data table entries (only .loc.sample files are shipped)
+beegees/galaxy/tool-data/*.loc
diff --git a/beegees/galaxy/.shed.yml b/beegees/galaxy/.shed.yml
new file mode 100644
index 0000000..86f89f0
--- /dev/null
+++ b/beegees/galaxy/.shed.yml
@@ -0,0 +1,25 @@
+name: beegees
+owner: bge-barcoding # needs to be created on toolshed (could be the name of the maintainer, Dan?)
+description: BeeGees — DNA barcoding from genome skims
+long_description: |
+ BeeGees recovers DNA barcodes from low-coverage genome skim data.
+ It wraps fastp QC, gene-fetch reference retrieval, MitoGeneExtractor barcode
+ extraction, fasta_cleaner sequence cleaning, structural validation (HMM +
+ reading-frame checks), taxonomic validation (BLASTn), and MultiQC reporting
+ into a single Snakemake pipeline.
+homepage_url: https://github.com/bge-barcoding/BeeGees
+remote_repository_url: https://github.com/bge-barcoding/BeeGees
+categories:
+ - Sequence Analysis
+ - Metagenomics
+
+# Only these files are uploaded to the Tool Shed — the rest of the repo is excluded
+include:
+ - beegees.xml
+ - macros.xml
+ - build_samples_csv.py
+ - build_config_yaml.py
+ - tool_data_table_conf.xml.sample
+ - tool-data/blastdb.loc.sample
+ - tool-data/beegees_blast_taxonomy.loc.sample
+ - test-data/*
diff --git a/beegees/galaxy/beegees.xml b/beegees/galaxy/beegees.xml
new file mode 100644
index 0000000..7a5b180
--- /dev/null
+++ b/beegees/galaxy/beegees.xml
@@ -0,0 +1,504 @@
+
+ DNA barcoding from genome skims
+
+
+ macros.xml
+
+
+
+
+
+
+ &2; exit 1; };
+
+ echo '[BeeGees] Step 2/3: building config.yaml' &&
+ #if $taxval.blast_db_source.source == 'history'
+ ## tv_local_blast.py only runs makeblastdb for .fasta/.fa/.fas, and writes the index next to the file
+ mkdir -p blast_db && ln -sf '$taxval.blast_db_source.blast_db_file' blast_db/blast_db.fasta &&
+ #end if
+ python3 '${__tool_directory__}/build_config_yaml.py'
+ --output config.yaml
+ --ref-mode '$reference_source.ref_mode'
+ #if $reference_source.ref_mode == 'manual'
+ --sequence-reference-file sequence_references.csv
+ #else
+ --gf-email '$reference_source.gene_fetch.email'
+ --gf-api-key '$reference_source.gene_fetch.api_key'
+ --gf-gene '$reference_source.gene_fetch.gene'
+ --gf-type '$reference_source.gene_fetch.fetch_type'
+ --gf-minimum-length '$reference_source.gene_fetch.minimum_length'
+ --gf-input-type '$reference_source.gene_fetch.input_type'
+ #if $reference_source.gene_fetch.genbank
+ --gf-genbank
+ #end if
+ #end if
+ --fastp-adapter-r1 '$fastp.adapter_r1'
+ --fastp-adapter-r2 '$fastp.adapter_r2'
+ --fastp-extra-args '$fastp.extra_fastp_args'
+ #if $downsampling.enabled == 'true'
+ --downsampling-enabled
+ --downsampling-max-reads '$downsampling.max_reads'
+ #end if
+ --br-r #for $v in $barcode_recovery.r_values# '$v' #end for#
+ --br-s #for $v in $barcode_recovery.s_values# '$v' #end for#
+ --br-n '$barcode_recovery.n'
+ --br-C '$barcode_recovery.C'
+ --br-t '$barcode_recovery.t'
+ --fc-consensus-threshold '$fasta_cleaner.consensus_threshold'
+ --fc-human-threshold '$fasta_cleaner.human_threshold'
+ --fc-at-difference '$fasta_cleaner.at_difference'
+ --fc-at-mode '$fasta_cleaner.at_mode'
+ --fc-outlier-percentile '$fasta_cleaner.outlier_percentile'
+ #if $fasta_cleaner.reference_filter.use_ref_filter == 'true'
+ --fc-reference-dir '$fasta_cleaner.reference_filter.reference_dir'
+ --fc-reference-filter-mode '$fasta_cleaner.reference_filter.reference_filter_mode'
+ #end if
+ --sv-target '$structural_validation.target'
+ #if $structural_validation.verbose
+ --sv-verbose
+ #end if
+ #if $taxval.blast_db_source.source == 'data_table'
+ --tv-blast-db '$taxval.blast_db_source.blast_db.fields.path'
+ #else
+ --tv-blast-db blast_db/blast_db.fasta
+ #end if
+ #if $taxval.taxonomy_source.source == 'data_table'
+ --tv-db-taxonomy '$taxval.taxonomy_source.db_taxonomy.fields.path'
+ #else
+ --tv-db-taxonomy '$taxval.taxonomy_source.db_taxonomy_file'
+ #end if
+ --tv-taxval-rank '$taxval.taxval_rank'
+ #if $taxval.verbose
+ --tv-verbose
+ #end if
+ --tv-min-pident '$taxval.min_pident'
+ --tv-min-length '$taxval.min_length'
+ || { echo '[BeeGees] FAILED at step 2/3 (build_config_yaml.py): check the tool form parameters' >&2; exit 1; };
+
+ echo '[BeeGees] Step 3/3: running the BeeGees Snakemake pipeline' &&
+ beegees run
+ --config config.yaml
+ --profile local
+ #if $log_file
+ --log-file '$log_out'
+ #end if
+ || { echo '[BeeGees] FAILED at step 3/3 (beegees run): see the Snakemake output above for the failing rule' >&2; exit 1; }
+ ]]>
+
+
+
+
+
+ ^[A-Za-z0-9_-]+$
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ [^@]+@[^@]+\.[^@]+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
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+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
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+
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+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ log_file
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ `_
+for instructions on building a custom database.
+
+**Taxonomy TSV** (``.tsv``, tab-separated)
+
+Two formats are accepted — see the
+`custom BLAST DB docs `_
+for full details.
+
+*Format A — generic (``Feature ID`` + semicolon-delimited lineage)*::
+
+ Feature ID Taxon
+ MH021436.1 k__Viridiplantae;p__Streptophyta;c__Magnoliopsida;o__Solanales;f__Solanaceae;g__Solanum;s__Solanum bukasovii
+
+*Format B — BOLDistilled-style (one column per rank)*::
+
+ bin kingdom phylum class order family genus species
+ MH021436.1 Viridiplantae Streptophyta Magnoliopsida Solanales Solanaceae Solanum Solanum bukasovii
+
+The sequence ID in the taxonomy file must exactly match the hit ID returned by BLAST (``sseqid``).
+ ]]>
+
+
+
diff --git a/beegees/galaxy/build_config_yaml.py b/beegees/galaxy/build_config_yaml.py
new file mode 100644
index 0000000..c7dadc8
--- /dev/null
+++ b/beegees/galaxy/build_config_yaml.py
@@ -0,0 +1,247 @@
+"""Build config.yaml for BeeGees from Galaxy tool form parameters.
+
+Called by the Galaxy wrapper before `beegees run`. All arguments are passed
+by the Cheetah command block as resolved strings/paths.
+
+Usage:
+ python build_config_yaml.py --output config.yaml [options]
+"""
+
+import argparse
+import glob
+import os
+import sys
+import yaml
+
+
+def err(stage, msg):
+ print(f'[build_config_yaml] ERROR ({stage}): {msg}', file=sys.stderr)
+ sys.exit(1)
+
+
+def stage_blast_prefix(prefix, stage_dir='blast_db'):
+ """Link a pre-built BLAST database, given as a name prefix, into stage_dir and return a path that exists."""
+ files = glob.glob(glob.escape(prefix) + '.*')
+ if not files:
+ err('taxonomic validation', f'BLAST database not found: no files match {prefix}.*')
+ os.makedirs(stage_dir, exist_ok=True)
+ for f in files:
+ link = os.path.join(stage_dir, os.path.basename(f))
+ if not os.path.lexists(link):
+ os.symlink(f, link)
+ # The pipeline checks os.path.exists(blast_db); BLAST itself ignores this file and reads .n*
+ placeholder = os.path.join(stage_dir, os.path.basename(prefix))
+ open(placeholder, 'a').close()
+ print(f'[build_config_yaml] linked {len(files)} BLAST database file(s) from {prefix} into {stage_dir}/')
+ return placeholder
+
+
+def validate(args):
+ # ── Stage 1: samples file ──
+ if not os.path.isfile(args.samples_file):
+ err('samples file', f'File not found: {args.samples_file}')
+
+ # ── Stage 2: reference source ──
+ if args.ref_mode == 'manual':
+ if not args.sequence_reference_file:
+ err('reference', 'ref_mode is "manual" but --sequence-reference-file was not provided')
+ if not os.path.isfile(args.sequence_reference_file):
+ err('reference', f'Sequence reference file not found: {args.sequence_reference_file}')
+ else:
+ if not args.gf_email:
+ err('gene-fetch', '--gf-email is required when ref_mode is "gene_fetch"')
+ if not args.gf_api_key:
+ err('gene-fetch', '--gf-api-key is required when ref_mode is "gene_fetch"')
+
+ # ── Stage 3: fastp adapters — both or neither ──
+ if bool(args.fastp_adapter_r1) != bool(args.fastp_adapter_r2):
+ err('fastp', 'Provide both --fastp-adapter-r1 and --fastp-adapter-r2, or neither')
+
+ # ── Stage 4: barcode recovery ──
+ if not args.br_r:
+ err('barcode recovery', '--br-r must contain at least one value')
+ if not args.br_s:
+ err('barcode recovery', '--br-s must contain at least one value')
+ if not 0.0 <= args.br_t <= 1.0:
+ err('barcode recovery', f'--br-t must be between 0 and 1, got {args.br_t}')
+
+ # ── Stage 5: fasta_cleaner ──
+ if args.fc_reference_dir and not os.path.exists(args.fc_reference_dir):
+ err('fasta_cleaner', f'Reference filter path not found: {args.fc_reference_dir}')
+
+ # ── Stage 6: taxonomic validation ──
+ if not os.path.exists(args.tv_blast_db):
+ # Pre-installed databases (blastdb data table) are a name prefix, not a file
+ args.tv_blast_db = stage_blast_prefix(args.tv_blast_db)
+ if not os.path.isfile(args.tv_db_taxonomy):
+ err('taxonomic validation', f'Taxonomy TSV not found: {args.tv_db_taxonomy}')
+ if not 0 <= args.tv_min_pident <= 100:
+ err('taxonomic validation', f'--tv-min-pident must be 0-100, got {args.tv_min_pident}')
+
+
+# Rule resource defaults — not exposed in the Galaxy form.
+RULE_DEFAULTS = {
+ 'gene_fetch': {'mem_mb': 8192, 'threads': 4, 'partition': 'long'},
+ 'fastp_qc': {'mem_mb': 16384, 'threads': 4},
+ 'clean_headers_merge': {'mem_mb': 8192, 'threads': 1},
+ 'fastq_concat': {'mem_mb': 8192, 'threads': 1},
+ 'quality_trim': {'mem_mb': 8192, 'threads': 4},
+ 'downsample': {'mem_mb': 8192, 'threads': 4},
+ 'MitoGeneExtractor': {'mem_mb': 32768, 'threads': 1, 'partition': 'himem'},
+ 'rename_and_combine_cons': {'mem_mb': 8192, 'threads': 4},
+ 'gzip_merged_clean': {'mem_mb': 8192, 'threads': 4},
+ 'human_cox1_filter': {'mem_mb': 16384, 'threads': 4},
+ 'at_content_filter': {'mem_mb': 16384, 'threads': 4},
+ 'statistical_outlier_filter': {'mem_mb': 16384, 'threads': 4},
+ 'reference_filter': {'mem_mb': 4096, 'threads': 1},
+ 'consensus_generation': {'mem_mb': 8192, 'threads': 4},
+ 'extract_stats_to_csv': {'mem_mb': 8192, 'threads': 1},
+ 'structural_validation': {'mem_mb': 32768, 'threads': 1, 'partition': 'himem'},
+ 'taxonomic_validation': {'mem_mb': 32768, 'threads': 16, 'partition': 'himem'},
+ 'blast2taxonomy': {'mem_mb': 16384, 'threads': 4},
+ 'download_taxdump': {'mem_mb': 4096, 'threads': 1},
+ 'multiqc_plots': {'mem_mb': 8192, 'threads': 2},
+ 'multiqc': {'mem_mb': 8192, 'threads': 1},
+}
+
+
+def parse_args():
+ p = argparse.ArgumentParser(description=__doc__)
+ p.add_argument('--output', required=True, metavar='PATH')
+
+ # Core
+ p.add_argument('--samples-file', default='./samples.csv')
+ p.add_argument('--output-dir', default='./beegees_output')
+
+ # Reference
+ p.add_argument('--ref-mode', choices=['manual', 'gene_fetch'], default='manual')
+ p.add_argument('--sequence-reference-file', default='')
+
+ # gene-fetch (only used when --ref-mode=gene_fetch)
+ p.add_argument('--gf-email', default='')
+ p.add_argument('--gf-api-key', default='')
+ p.add_argument('--gf-gene', default='coi')
+ p.add_argument('--gf-type', default='both')
+ p.add_argument('--gf-minimum-length', default='500')
+ p.add_argument('--gf-input-type', default='hierarchical')
+ p.add_argument('--gf-genbank', action='store_true')
+
+ # fastp
+ p.add_argument('--fastp-adapter-r1', default='')
+ p.add_argument('--fastp-adapter-r2', default='')
+ p.add_argument('--fastp-extra-args', default='')
+
+ # Downsampling
+ p.add_argument('--downsampling-enabled', action='store_true')
+ p.add_argument('--downsampling-max-reads', type=int, default=0)
+
+ # Barcode recovery
+ p.add_argument('--br-r', nargs='+', type=float, default=[1, 1.3, 1.5])
+ p.add_argument('--br-s', nargs='+', type=int, default=[50, 100])
+ p.add_argument('--br-n', type=int, default=0)
+ p.add_argument('--br-C', type=int, default=5)
+ p.add_argument('--br-t', type=float, default=0.5)
+
+ # fasta_cleaner
+ p.add_argument('--fc-consensus-threshold', type=float, default=0.5)
+ p.add_argument('--fc-human-threshold', type=float, default=0.95)
+ p.add_argument('--fc-at-difference', type=float, default=0.1)
+ p.add_argument('--fc-at-mode', default='absolute')
+ p.add_argument('--fc-outlier-percentile', type=float, default=90.0)
+ p.add_argument('--fc-reference-dir', default=None)
+ p.add_argument('--fc-reference-filter-mode', default='remove_similar')
+
+ # Structural validation
+ p.add_argument('--sv-target', default='cox1')
+ p.add_argument('--sv-verbose', action='store_true')
+
+ # Taxonomic validation
+ p.add_argument('--tv-blast-db', required=True)
+ p.add_argument('--tv-db-taxonomy', required=True)
+ p.add_argument('--tv-taxval-rank', default='family')
+ p.add_argument('--tv-verbose', action='store_true')
+ p.add_argument('--tv-min-pident', type=int, default=80)
+ p.add_argument('--tv-min-length', type=int, default=100)
+
+ return p.parse_args()
+
+
+def build_config(args):
+ # Pipeline scripts join relative output paths onto their output dir, so paths must be absolute
+ samples_file = os.path.abspath(args.samples_file)
+ cfg = {
+ 'run_name': 'galaxy_run',
+ 'samples_file': samples_file,
+ 'output_dir': os.path.abspath(args.output_dir),
+ 'sequence_reference_file': (os.path.abspath(args.sequence_reference_file)
+ if args.sequence_reference_file else ''),
+ 'run_gene_fetch': args.ref_mode == 'gene_fetch',
+ 'fastp': {
+ 'adapter_r1': args.fastp_adapter_r1,
+ 'adapter_r2': args.fastp_adapter_r2,
+ 'extra_fastp_args': args.fastp_extra_args,
+ },
+ 'downsampling': {
+ 'enabled': args.downsampling_enabled,
+ 'max_reads': args.downsampling_max_reads,
+ },
+ 'barcode_recovery': {
+ 'r': args.br_r,
+ 's': args.br_s,
+ 'n': args.br_n,
+ 'C': args.br_C,
+ 't': args.br_t,
+ },
+ 'fasta_cleaner': {
+ 'consensus_threshold': args.fc_consensus_threshold,
+ 'human_threshold': args.fc_human_threshold,
+ 'at_difference': args.fc_at_difference,
+ 'at_mode': args.fc_at_mode,
+ 'outlier_percentile': args.fc_outlier_percentile,
+ 'reference_dir': args.fc_reference_dir,
+ 'reference_filter_mode': args.fc_reference_filter_mode,
+ },
+ 'structural_validation': {
+ 'target': args.sv_target,
+ 'verbose': args.sv_verbose,
+ },
+ 'taxonomic_validation': {
+ 'blast_db': os.path.abspath(args.tv_blast_db),
+ 'db_taxonomy': args.tv_db_taxonomy,
+ 'taxval_rank': args.tv_taxval_rank,
+ 'expected_taxonomy': samples_file,
+ 'verbose': args.tv_verbose,
+ 'min_pident': args.tv_min_pident,
+ 'min_length': args.tv_min_length,
+ },
+ 'rules': RULE_DEFAULTS,
+ }
+
+ if args.ref_mode == 'gene_fetch':
+ cfg['gene_fetch'] = {
+ 'email': args.gf_email,
+ 'api_key': args.gf_api_key,
+ 'gene': args.gf_gene,
+ 'type': args.gf_type,
+ 'minimum_length': args.gf_minimum_length,
+ 'input_type': args.gf_input_type,
+ 'genbank': args.gf_genbank,
+ }
+
+ return cfg
+
+
+def main():
+ args = parse_args()
+ validate(args)
+ cfg = build_config(args)
+ try:
+ with open(args.output, 'w') as f:
+ yaml.dump(cfg, f, default_flow_style=False, sort_keys=False)
+ except OSError as e:
+ err('output', f'Could not write {args.output}: {e}')
+ print(f'[build_config_yaml] wrote config to {args.output}')
+
+
+if __name__ == '__main__':
+ main()
diff --git a/beegees/galaxy/build_samples_csv.py b/beegees/galaxy/build_samples_csv.py
new file mode 100644
index 0000000..93d8cbe
--- /dev/null
+++ b/beegees/galaxy/build_samples_csv.py
@@ -0,0 +1,270 @@
+"""Resolve a user-supplied samples CSV for BeeGees.
+
+The user provides a CSV with columns ID, forward, [reverse], the taxonomy
+columns and optionally taxid, where forward/reverse are bare filenames (not
+full paths). This script maps those filenames to absolute paths using the
+Galaxy collection, then writes the resolved CSV that BeeGees expects. All
+other columns are passed through unchanged (gene-fetch reads taxid from it).
+
+Usage:
+ python build_samples_csv.py
+ --samples-csv /path/to/user_samples.csv
+ --output samples.csv
+ --collection-names name1 name2 ...
+ --collection-paths /abs/path1 /abs/path2 ...
+ [--reads-dir reads]
+ [--require-taxid]
+ [--refs-csv /path/to/user_sequence_references.csv
+ --ref-names name1 ... --ref-paths /abs/path1 ...
+ --refs-output sequence_references.csv --refs-dir references]
+"""
+
+import argparse
+import csv
+import os
+import sys
+
+REQUIRED_COLS = {
+ 'ID': ['ID'],
+ 'forward': ['forward'],
+}
+OPTIONAL_READ_COL = {
+ 'reverse': ['reverse'],
+}
+TAX_COLS = ['phylum', 'class', 'order', 'family', 'genus', 'species']
+
+
+def err(stage, msg):
+ print(f'[build_samples_csv] ERROR ({stage}): {msg}', file=sys.stderr)
+ sys.exit(1)
+
+
+def resolve_col(fieldnames, aliases):
+ for a in aliases:
+ if a in fieldnames:
+ return a
+ return None
+
+
+def is_gzipped(path):
+ with open(path, 'rb') as f:
+ return f.read(2) == b'\x1f\x8b'
+
+
+def link_read(filename, target, reads_dir):
+ """Symlink a Galaxy dataset (.dat) under its real filename so tools can detect gzip by extension."""
+ name = os.path.basename(filename)
+ if name in ('', '.', '..'):
+ err('file resolution', f'Invalid filename: "{filename}"')
+ gz = is_gzipped(target)
+ if gz and not name.endswith('.gz'):
+ name += '.gz'
+ elif not gz and name.endswith('.gz'):
+ name = name[:-3]
+ link = os.path.abspath(os.path.join(reads_dir, name))
+ if os.path.lexists(link):
+ if os.path.realpath(link) != os.path.realpath(target):
+ err('file resolution', f'Two different files map to the same name: {name}')
+ return link
+ os.symlink(os.path.abspath(target), link)
+ return link
+
+
+FASTQ_EXTS = ('.fastqsanger', '.fastq', '.fq')
+FASTA_EXTS = ('.fasta', '.fas', '.faa', '.fa')
+REF_COLS = ['ID', 'protein_reference_path']
+
+
+def strip_ext(name, exts):
+ if name.endswith('.gz'):
+ name = name[:-3]
+ for ext in exts:
+ if name.endswith(ext):
+ return name[:-len(ext)]
+ return name
+
+
+def build_path_map(names, paths, exts):
+ """Map collection element names, and their extension-less stems, to dataset paths."""
+ exact = dict(zip(names, paths))
+ stems = {}
+ for name, path in exact.items():
+ stems.setdefault(strip_ext(name, exts), []).append(path)
+ return exact, stems
+
+
+def resolve_file(filename, label, path_map, stem_map, exts, link_dir, collection):
+ """Find filename in a collection and return a symlink to it under link_dir."""
+ if filename in path_map:
+ return link_read(filename, path_map[filename], link_dir)
+ # Galaxy collections often drop extensions (test_R1 vs test_R1.fastq.gz)
+ candidates = stem_map.get(strip_ext(filename, exts), [])
+ if len(candidates) == 1:
+ return link_read(filename, candidates[0], link_dir)
+ if len(candidates) > 1:
+ err('file resolution',
+ f'{label}: "{filename}" matches more than one element of the {collection} collection; '
+ 'make the collection element names unique.')
+ err('file resolution',
+ f'{label}: "{filename}" not found in the {collection} collection.\n'
+ f' Available: {", ".join(sorted(path_map))}')
+
+
+def resolve_references(args, sample_ids):
+ """Write a sequence references CSV whose protein_reference_path points to collection datasets."""
+ if len(args.ref_names) != len(args.ref_paths):
+ err('references',
+ f'--ref-names ({len(args.ref_names)}) and '
+ f'--ref-paths ({len(args.ref_paths)}) have different counts')
+ path_map, stem_map = build_path_map(args.ref_names, args.ref_paths, FASTA_EXTS)
+
+ if not os.path.isfile(args.refs_csv):
+ err('references', f'File not found: {args.refs_csv}')
+ with open(args.refs_csv, newline='') as f:
+ reader = csv.DictReader(f)
+ fieldnames = reader.fieldnames or []
+ missing = [c for c in REF_COLS if c not in fieldnames]
+ if missing:
+ err('references', f'Missing column(s) in sequence references CSV: {", ".join(missing)}'
+ f'\n Found: {", ".join(fieldnames)}')
+ rows = {r['ID']: r for r in reader}
+
+ no_ref = [i for i in sample_ids if not rows.get(i, {}).get('protein_reference_path')]
+ if no_ref:
+ err('references', f'No protein_reference_path given for sample(s): {", ".join(no_ref)}')
+
+ os.makedirs(args.refs_dir, exist_ok=True)
+ out_rows = []
+ for sid in sample_ids:
+ r = dict(rows[sid])
+ r['protein_reference_path'] = resolve_file(
+ r['protein_reference_path'], f'sample {sid} protein reference',
+ path_map, stem_map, FASTA_EXTS, args.refs_dir, 'protein reference')
+ out_rows.append(r)
+
+ try:
+ with open(args.refs_output, 'w', newline='') as f:
+ w = csv.DictWriter(f, fieldnames=fieldnames)
+ w.writeheader()
+ w.writerows(out_rows)
+ except OSError as e:
+ err('references', f'Could not write {args.refs_output}: {e}')
+
+ print(f'[build_samples_csv] resolved {len(out_rows)} protein reference(s) to {args.refs_output}')
+
+
+def main():
+ parser = argparse.ArgumentParser()
+ parser.add_argument('--samples-csv', required=True)
+ parser.add_argument('--output', required=True)
+ parser.add_argument('--collection-names', nargs='*', default=[])
+ parser.add_argument('--collection-paths', nargs='*', default=[])
+ parser.add_argument('--reads-dir', default='reads')
+ # gene-fetch taxid mode reads a taxid column from the resolved CSV
+ parser.add_argument('--require-taxid', action='store_true')
+ # Manual reference mode: references CSV + protein FASTA collection
+ parser.add_argument('--refs-csv', default=None)
+ parser.add_argument('--refs-output', default='sequence_references.csv')
+ parser.add_argument('--ref-names', nargs='*', default=[])
+ parser.add_argument('--ref-paths', nargs='*', default=[])
+ parser.add_argument('--refs-dir', default='references')
+ args = parser.parse_args()
+
+ # ── Stage 1: input file exists ──
+ if not os.path.isfile(args.samples_csv):
+ err('samples CSV', f'File not found: {args.samples_csv}')
+
+ # ── Stage 2: collection consistency ──
+ if len(args.collection_names) != len(args.collection_paths):
+ err('collection',
+ f'--collection-names ({len(args.collection_names)}) and '
+ f'--collection-paths ({len(args.collection_paths)}) have different counts')
+ path_map, stem_map = build_path_map(args.collection_names, args.collection_paths, FASTQ_EXTS)
+
+ # ── Stage 3: parse and validate CSV columns ──
+ with open(args.samples_csv, newline='') as f:
+ reader = csv.DictReader(f)
+ fieldnames = reader.fieldnames or []
+
+ col = {}
+ missing = []
+ for key, aliases in REQUIRED_COLS.items():
+ found = resolve_col(fieldnames, aliases)
+ if not found:
+ missing.append(f'{key} (accepted: {", ".join(aliases)})')
+ else:
+ col[key] = found
+ if missing:
+ err('columns', 'Missing required column(s):\n ' + '\n '.join(missing)
+ + f'\n Found: {", ".join(fieldnames)}')
+
+ rev_col = None
+ for aliases in OPTIONAL_READ_COL.values():
+ found = resolve_col(fieldnames, aliases)
+ if found:
+ rev_col = found
+ break
+
+ tax_missing = [c for c in TAX_COLS if c not in fieldnames]
+ if tax_missing:
+ err('columns', 'Missing taxonomy column(s) (used as expected taxonomy): '
+ f'{", ".join(tax_missing)}\n Found: {", ".join(fieldnames)}')
+ if args.require_taxid and 'taxid' not in fieldnames:
+ err('columns', 'Missing taxid column (required when gene-fetch taxonomy input type is "taxid")'
+ f'\n Found: {", ".join(fieldnames)}')
+ rows = list(reader)
+
+ # csv.DictReader stores surplus fields under the key None
+ long_rows = [r[col['ID']] for r in rows if None in r]
+ if long_rows:
+ err('columns', f'Row(s) with more fields than the header: {", ".join(long_rows)}')
+
+ # ── Stage 4: sample ID validation ──
+ ids = [r[col['ID']] for r in rows]
+ bad_ids = [i for i in ids if '_' in i]
+ if bad_ids:
+ err('sample IDs',
+ 'Sample IDs must not contain underscores. '
+ f'Offending: {", ".join(bad_ids)}. Use hyphens instead.')
+ dupes = [i for i in ids if ids.count(i) > 1]
+ if dupes:
+ err('sample IDs', f'Duplicate IDs: {", ".join(set(dupes))}')
+ if args.require_taxid:
+ no_taxid = [r[col['ID']] for r in rows if not (r.get('taxid') or '').strip()]
+ if no_taxid:
+ err('sample IDs', f'No taxid given for sample(s): {", ".join(no_taxid)}')
+
+ # ── Stage 5: resolve filenames to symlinks of collection datasets ──
+ os.makedirs(args.reads_dir, exist_ok=True)
+
+ def resolve(filename, label):
+ if not filename:
+ return ''
+ return resolve_file(filename, label, path_map, stem_map, FASTQ_EXTS, args.reads_dir, 'FASTQ')
+
+ # Keep every uploaded column (e.g. taxid); only the read paths are rewritten
+ out_rows = []
+ for r in rows:
+ out = dict(r)
+ out[col['forward']] = resolve(r[col['forward']], f"sample {r[col['ID']]} forward")
+ if rev_col:
+ out[rev_col] = resolve(r.get(rev_col, ''), f"sample {r[col['ID']]} reverse")
+ out_rows.append(out)
+
+ # ── Stage 6: write output ──
+ try:
+ with open(args.output, 'w', newline='') as f:
+ w = csv.DictWriter(f, fieldnames=fieldnames)
+ w.writeheader()
+ w.writerows(out_rows)
+ except OSError as e:
+ err('output', f'Could not write {args.output}: {e}')
+
+ print(f'[build_samples_csv] resolved {len(out_rows)} sample(s) to {args.output}')
+
+ if args.refs_csv:
+ resolve_references(args, ids)
+
+
+if __name__ == '__main__':
+ main()
diff --git a/beegees/galaxy/docs/README.md b/beegees/galaxy/docs/README.md
new file mode 100644
index 0000000..63595d1
--- /dev/null
+++ b/beegees/galaxy/docs/README.md
@@ -0,0 +1,62 @@
+# Galaxy wrapper deployment
+
+The wrapper is published to the Galaxy Tool Shed automatically.
+
+## First-time setup
+
+1. Register an account on the [Galaxy Tool Shed](https://toolshed.g2.bx.psu.edu)
+ whose username matches `owner` in `.shed.yml`, and create an API key under
+ User → Preferences → Manage API Key.
+2. Create the empty `beegees` repository (the first release tag uploads the
+ contents):
+
+ ```bash
+ cd beegees/galaxy
+ planemo shed_create --shed_target toolshed --shed_key --skip_upload .
+ ```
+
+3. Add these GitHub repository secrets:
+ - `TOOLSHED_API_KEY`: the API key from step 1.
+ - `GALAXY_AUTOUPDATE_TOKEN`: a GitHub PAT with `contents` and
+ `pull-requests` write access. Without it, the autoupdate PR won't run CI
+ and the tag won't trigger the deploy.
+
+## Versioning
+
+The tool version is set in `macros.xml`:
+
+```
++galaxy e.g. 1.2.0+galaxy1
+```
+
+- `@TOOL_VERSION@`: the BeeGees version on Bioconda.
+- `@VERSION_SUFFIX@`: the wrapper revision for that BeeGees version. It
+ resets to `0` whenever `@TOOL_VERSION@` changes.
+
+## Workflows
+
+| Workflow | Trigger | What it does |
+|---|---|---|
+| `galaxy_autoupdate.yml` | Daily, or manual | Opens a PR bumping `@TOOL_VERSION@` when Bioconda has a newer BeeGees |
+| `galaxy_tag.yml` | `macros.xml` changes on `main` | Pushes tag `galaxy-+galaxy` if it doesn't exist yet |
+| `toolshed_deploy.yml` | Any `galaxy-*` tag | Lints, tests and uploads to the Tool Shed |
+
+## Releasing
+
+### Wrapper-only change
+
+1. Edit the wrapper files.
+2. Bump `@VERSION_SUFFIX@` in `macros.xml`.
+3. Merge to `main`. The tag and Tool Shed upload follow automatically.
+
+Changes merged without a suffix bump are not released.
+
+### New BeeGees release on Bioconda
+
+1. The daily job opens a PR on `galaxy-autoupdate`.
+2. If the new release needs wrapper changes, commit them to
+ `galaxy-autoupdate` and merge before the next daily run (06:00 UTC).
+ Until the PR is merged, that run may overwrite the branch and drop your
+ commits. For fixes that take longer, branch off `galaxy-autoupdate`, open
+ your own PR, and close the bot's PR once yours is merged.
+3. Merge to `main`. The tag and Tool Shed upload follow automatically.
diff --git a/beegees/galaxy/macros.xml b/beegees/galaxy/macros.xml
new file mode 100644
index 0000000..0c646a7
--- /dev/null
+++ b/beegees/galaxy/macros.xml
@@ -0,0 +1,26 @@
+
+ 3.0.4
+ 4
+ 23.0
+
+
+
+ beegees
+ pyyaml
+ coreutils
+ bc
+ ghcr.io/naturalis/beegees:v1
+
+
+
+
+
+
+@software{beegees,
+ title = {{BeeGees}: DNA barcoding from genome skims},
+ url = {https://github.com/bge-barcoding/BeeGees}
+}
+
+
+
+
diff --git a/beegees/galaxy/test-data/blast_db.fasta b/beegees/galaxy/test-data/blast_db.fasta
new file mode 100644
index 0000000..44f5c89
--- /dev/null
+++ b/beegees/galaxy/test-data/blast_db.fasta
@@ -0,0 +1,1998 @@
+>BBHYJ495-10|BOLD:AAP8036
+TGTTTTATATTTTTTATTTGGTATTTGAGCTGGTATAGTTGGATTATCAATAAGATTAATTATTCGATTAGAATTAGGGA
+TACCTGGAAGATTATTAAGAAATGATCAAATTTATAATAGAATAGTTACAGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATA
+GTTATACCTATTATAATTGGTGGATTTGGAAATTGATTAGTTCCTTTAATATTAGGAGCTCCTGATATAGCATTTCCTCG
+AATAAATAATATAAGATTTTGATTATTAATTCCATCTTTAATATTATTAGTTTTAAGAAGATTATTAAATGTAGGGGTAG
+GGACTGGATGAACTGTTTATCCTCCTTTATCATCAAGAATTGGTCATAGAGGATTATCTGTTGATTTAGCAATTTTTTCT
+TTACATTTAGCTGGTGTTTCTTCAATTATAGGAGCAATTAATTTTATTACTACAATTTTTAATATAAATTTTTTTATAAT
+TAAATTAGATCAATTAAGTTTATTTATTTGATCAATTTTAATTACAGCTATTTTATTGTTATTATCTTTACCTGTTTTAG
+CTGGTGCTATTACTATATTATTAACAGATCGTAATTTAAATANNNCTTTTTTTGACTTTTCTGGAGGGGGGGATCCTATT
+TTATTTCAACATCTATTTNN
+>ASGLE1466-10|BOLD:AAU8735
+TGTTTTATATTTTTTATTTGGTATATGAGCTGGAATAGTTGGTTTATCTATAAGGTTAATTATTCGTTTAGAATTAGGAA
+CTCCTGGAAGTTTATTAATAAATGATCAAATTTATAATAGTATAGTGACGGCTCATGCCTTTGTAATAATTTTTTTTATA
+GTGATACCTATTATAATTGGGGGATTTGGTAATTGATTAGTTCCTTTAATATTAGGGGCTCCTGATATAGCTTTTCCTCG
+AATAAATAATATGAGATTTTGGTTATTAATTCCTTCTTTAATTTTATTAATTTTAAGGAGGGTATTAAATGTAGGAGCAG
+GGACAGGGTGAACAGTGTATCCTCCCTTATCTTCAAGAATTGGTCATGGGGGGATATCTGTTGATTTAGCAATTTTTTCT
+TTACATTTAGCTGGTGTTTCTTCTATTATAGGAGCAATTAATTTTATTAGTACAATTTTTAATATAAATTTTTTTATAAT
+TAAATTAGATCAATTAAGATTATTTATTTGATCAATTTTAATTACAGCTGTTTTATTATTATTATCTTTACCTGTTTTAG
+CTGGAGCTATTACTATATTATTAACTGATCGTAATTTAAATACAACATTTTTTGATTTTTCAGGTGGGGGAGATCCAATT
+TTATTTCAACATTTATTTNN
+>MAMTA1466-12|BOLD:ABX2057
+TGTTTTATATTTTTTATTTGGAATTTGAGCTGGAATAGTGGGTTTATCTATAAGAATTATTATTCGTTTAGAATTAGGTA
+TGCCTGGTGGATTATTAAAAAATGACCAAATTTATAATAGTATAGTGACAGCTCATGCTTTTGTAATAATTTTTTTTATA
+GTAATACCTATTATAATTGGGGGATTTGGTAATTGATTAATTCCTTTAATATTAGGGGCTCCTGATATAGCATTTCCTCG
+AATAAATAATATGAGATTTTGATTATTAATTCCTTCATTAATTTTATTAATTTTAAGAGGTTTATTGAATGTAGGAGTGG
+GTACTGGATGAACTATATATCCTCCTTTATCTTCTTTAATTGGACATAGAGGTATATCTGTTGATTTAGCTATTTTTTCT
+TTACATTTAGCTGGTATTTCTTCAATTATAGGTGCAATTAATTTTATTACAACTATTTTTAATATAAATTTTATTTCAAT
+AAAATTAGATCAATTAAGATTATTTATTTGATCAATTTTAATTACAGCTATTTTATTATTATTATCTTTACCTGTTTTAG
+CAGGAGCTATTACTATATTATTAACGGATCGTAATTTAAATACTACATTTTTTGATTTTTCAGGTGGAGGAGATCCTATT
+TTATTTCAACATTTATTTNN
+>SSWLA3737-13|BOLD:ACG6510
+TGTTTTATATTTTTTATTTGGAATTTGATCTGGGATGGTAGGTTTATCTATAAGTTTAATTATTCGATTAGAACTAAGTA
+TTCCTGGTAGTTTATTAATAAATGATCAAATTTATAATAGAATAGTGACAGCTCATGCTTTTGTTATAATTTTTTTTATA
+GTTATACCTATTATAATTGGAGGATTTGGTAATTGATTAGTTCCTTTAATATTAGGGGCTCCTGATATAGCTTTCCCACG
+AATAAATAATATAAGATTTTGATTATTAATTCCTTCTTTAATTTTATTAATTTTAAGAAGTTTATTAAATGTAGGAGTTG
+GTACTGGGTGAACTGTTTATCCACCATTATCTTCAAGAATTGGCCATAGAGGTATATCTGTAGATTTAGCTATTTTTTCT
+TTACATTTAGCTGGAATTTCTTCAATTATAGGAGCAATTAATTTTATTACTACAATTTTTAATATAAATTTTTTTATAAT
+TAAATTAGATCAATTAAGATTATTTATTTGATCAATTTTAATTACAGCTATTTTATTATTATTATCTTTACCTGTTTTAG
+CTGGGGCAATTACAATATTATTAACAGATCGAAATTTAAATACAACATTTTTTGATTTTTCTGGAGGTGGGGATCCTATT
+TTATTTCAACATTTATTTNN
+>SSEIB11640-13|BOLD:ACI7570
+TGTATTATATTTTTTATTTGGTATATGAGCTGGAATAGTGGGTTTATCAATAAGATTAATTATTCGTTTAGAATTAGGAG
+TTCCTGGTAGATTATTAATAAATGATCAAATTTATAATAGGATAGTTACAGCTCATGCTTTTGTAATAATTTTTTTTATA
+GTTATACCAATTATAATTGGGGGATTTGGTAATTGGTTAATTCCATTAATATTAGGGGCTCCTGATATAGCATTTCCTCG
+TATAAATAATATAAGATTTTGATTATTAATTCCTTCATTAATATTATTAGTTTTAAGAAGAGGTTTAAATGTAGGGGTTG
+GAACAGGATGAACTGTTTACCCTCCTTTATCATCAAGAATTGGTCATGGGGGTATATCTGTTGATTTAGCTATTTTTTCT
+TTACATTTAGCTGGGGTTTCTTCAATTATAGGGGCAATTAATTTTATTACTACAATTTTTAATATAAATTTTTTTATAAT
+TAAATTAGATCAATTAAGATTGTTTATTTGATCTATTTTAATTACAGCTATTTTATTATTACTATCTCTACCTGTTTTAG
+CTGGAGCAATTACAATATTATTAACAGATCGTAATTTAAATCCTACATTTTTTGATTTTTCTGGCGGAGGAGACCCTATT
+TTATTTCAACACTTATTTNN
+>GMSAC649-13|BOLD:ACK6959
+AGTTTTATATTTTTTATTTGGAATTTGAGCTGGTATAGTGGGATTATCAATAAGAATTATTATTCGTTTAGAATTAGGAA
+TACCTGGGGGTTTATTAAAAAATGATCAAATTTATAATAGTATAGTAACAGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATA
+GTTATACCTATTATAATTGGTGGATTTGGTAATTGATTAATTCCTTTAATATTAGGGGCTCCTGATATGGCTTTTCCTCG
+TATAAATAATATAAGATTTTGATTATTAATTCCTTCATTAATTTTATTGTTTTTAAGAGGATTAATAAATGTAGGAGTTG
+GTACTGGATGAACAGTTTATCCTCCTTTATCTTCTTTAATTGGTCATGGAGGTATTTCTGTTGATTTAGCTATTTTTTCT
+TTACATTTAGCTGGTATTTCTTCAATTATAGGAGCAATTAATTTTATTACAACTATTTTTAATATAAATTTTATTTCTAT
+AAAGTTAGATCAATTAAGATTATTTATTTGATCAATTTTAATTACAGCTATTTTATTATTATTATCTTTGCCTGTTTTAG
+CAGGAGCTATTACTATATTATTAACAGATCGTAATTTAAATACTACATTTTTTGATTTTTCAGGTGGAGGAGATCCAATT
+TTATTCCAGCATTTATTTNN
+>AMTPB1040-15|BOLD:ACT9923
+GTTTTATATTTTTTGTTCGGGATATGAGCTGGTATAGTTGGTTTATCAATAAGATTAATTATTCGTTTAGAATTAGGGGT
+CCCTGGAAGATTATTAATAAATGATCAAATTTATAATAGAATAGTGACAGCTCATGCTTTTGTAATAATTTTTTTTATAG
+TTATACCAATTATAATTGGAGGTTTTGGTAATTGATTAATTCCTTTAATATTAGGAGCTCCTGATATAGCTTTTCCTCGA
+ATAAATAATATAAGATTTTGATTATTAATTCCTTCTTTAATTTTATTAGTTTTAAGGAGGTTATTAAATGTAGGGGCTGG
+TACAGGATGAACTGTTTATCCTCCCTTATCATCTAGAATGGGGCATGGTGGGATATCTGTTGATTTAGCAATTTTTTCTT
+TACATTTAGCTGGTATTTCTTCTATTATAGGAGCTATTAATTTTATTACTACAATTTTTAATATAAATTTTTTTATAATT
+AAGTTAGATCAATTAAGGTTATTTATTTGATCAATTTTAATTACGGCAATTTTATTATTATTATCTTTACCTGTATTAGC
+TGGGGCAATTACTATATTATTAACAGATCGTNN
+>GCQT548-17|BOLD:ADH7416
+TTTTTATTTGGTATTTGGGCAGGTATAGTTGGACTATCAATAAGATTGATTATTCGATTAGAATTAGGGATACCTGGAAG
+TTTATTAAGTAATGATCAAATTTATAATAGTATAGTAACTGCTCATGCTTTTGTAATAATTTTTTTTATAGTTATACCTA
+TTATAATTGGAGGGTTTGGAAATTGATTAATTCCTTTAATATTAGGAGCTCCTGATATAGCTTTTCCTCGAATAAATAAT
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+BOLD:ADX8400 Animalia Arthropoda Insecta Hymenoptera Braconidae Alysiinae Dacnusini Chorebus Chorebus trilobomyzae species None
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+BOLD:AFQ1518 Animalia Arthropoda Insecta Hymenoptera Braconidae Alysiinae Dacnusini Chorebus genus None
+BOLD:AFR0913 Animalia Arthropoda Insecta Hymenoptera Braconidae Alysiinae Dacnusini Chorebus genus species
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+BOLD:AFR8577 Animalia Arthropoda Insecta Hymenoptera Braconidae Alysiinae Dacnusini Chorebus genus None
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+BOLD:AHE1918 Animalia Arthropoda Insecta Hymenoptera Braconidae Alysiinae Dacnusini Chorebus Chorebus claripennis species None
+BOLD:AHE4069 Animalia Arthropoda Insecta Hymenoptera Braconidae Alysiinae Dacnusini Chorebus Chorebus granulosus species None
+BOLD:AHE4072 Animalia Arthropoda Insecta Hymenoptera Braconidae Alysiinae Dacnusini Chorebus Chorebus hilaris species None
+BOLD:AHE4080 Animalia Arthropoda Insecta Hymenoptera Braconidae Alysiinae Dacnusini Chorebus genus None
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+BOLD:AHG0182 Animalia Arthropoda Insecta Hymenoptera Braconidae Alysiinae Alysiini Dinotrema genus None
+BOLD:AHJ5580 Animalia Arthropoda Insecta Hymenoptera Braconidae family None
+BOLD:AHJ7061 Animalia Arthropoda Insecta Hymenoptera Braconidae family None
\ No newline at end of file
diff --git a/beegees/galaxy/test-data/test_R1.fastq.gz b/beegees/galaxy/test-data/test_R1.fastq.gz
new file mode 100644
index 0000000..d44ed04
Binary files /dev/null and b/beegees/galaxy/test-data/test_R1.fastq.gz differ
diff --git a/beegees/galaxy/test-data/test_R2.fastq.gz b/beegees/galaxy/test-data/test_R2.fastq.gz
new file mode 100644
index 0000000..c58fff9
Binary files /dev/null and b/beegees/galaxy/test-data/test_R2.fastq.gz differ
diff --git a/beegees/galaxy/test-data/test_protein.fasta b/beegees/galaxy/test-data/test_protein.fasta
new file mode 100644
index 0000000..2509e22
--- /dev/null
+++ b/beegees/galaxy/test-data/test_protein.fasta
@@ -0,0 +1,10 @@
+>test
+MKKWLFSTNHKDIGILYFLFGMWAGMVGLSMSMIIRLELGMPGSLLMNDQIYNSMVTMHA
+FVMIFFMVMPVMLGGFGNWLIPLMLGAPDMAFPRMNNMSFWLIIPSMMLLMLSGMLNVGV
+GTGWTIYPPLSSLVGHNGLSVDLAIFSLHMAGVSSIMGVINFLTTIFNMNISSIKLDQLS
+LFIWSVMITAVLLLLSLPVLAGAVTMLLTDRNLNTTFFDFSGGGDPVLFQHLFWFFGHPE
+VYILILPGFGMISHIIFNESGKKEVFGSLGMIYAMLTIGFLGFIVWAHHMFTIGMDLDTR
+AYFTSATMIIAIPTGIKVFSWLATLGGVKMKNNLGIYWSIGFIFLFTMGGLTGIILSNSS
+IDVVLHDTYYVVAHFHYVLSMGAVFTIMAGFIYWYPLFLGLMMHEKMLKIQFFIMFIGVN
+MTFFPQHFLGLSGMPRRYSDYPDIYMMWNVISSIGSMITLISVLLFIYIIWESMVVKRYL
+IFNKFINSSIEWLQYYPPKNHSYDQVPLLIN
diff --git a/beegees/galaxy/tool-data/beegees_blast_taxonomy.loc.sample b/beegees/galaxy/tool-data/beegees_blast_taxonomy.loc.sample
new file mode 100644
index 0000000..64df359
--- /dev/null
+++ b/beegees/galaxy/tool-data/beegees_blast_taxonomy.loc.sample
@@ -0,0 +1,5 @@
+# beegees_blast_taxonomy.loc — one entry per line, tab-separated: value name path
+# 'path' must point to the full taxonomy TSV file (not a directory).
+#
+#value name path
+#BOLDistilled_COI_2024_taxonomy BOLDistilled_COI_2024_taxonomy /srv/galaxy/tool-data/blast/BOLDistilled_COI_2024/BOLDistilled_COI_2024_TAXONOMY.tsv
diff --git a/beegees/galaxy/tool-data/blastdb.loc.sample b/beegees/galaxy/tool-data/blastdb.loc.sample
new file mode 100644
index 0000000..4663685
--- /dev/null
+++ b/beegees/galaxy/tool-data/blastdb.loc.sample
@@ -0,0 +1,5 @@
+# blastdb.loc — one entry per line, tab-separated: value name path
+# 'path' is the base name of the BLAST index (without file extensions).
+#
+#value name path
+#BOLDistilled_COI_2024 BOLDistilled_COI_2024 /srv/galaxy/tool-data/blast/BOLDistilled_COI_2024/BOLDistilled_COI_2024
diff --git a/beegees/galaxy/tool_data_table_conf.xml.sample b/beegees/galaxy/tool_data_table_conf.xml.sample
new file mode 100644
index 0000000..5f8b97d
--- /dev/null
+++ b/beegees/galaxy/tool_data_table_conf.xml.sample
@@ -0,0 +1,19 @@
+
+
+
+
+
+
+
+
+